Q1. 맞습니다. 주격조사가 생략된 상태로, '말씀이 있었니?'로 볼 수 있습니다. Q2. 맞습니다. '선생님께서 말씀'이라는 전체적인 맥락이 숨어져있습니다. Q3. 아닙니다! 위 표현은 간접 높임에 해당하는데, 간접 높임은 특수어휘를 사용할 수 없기 때문에 '계시다'를 사용할 수 없습니다.