A1) 해석: 며칠 동안 그의 마음속에 있었던 질문 과거완료(had been)는 '과거(asked) 시점보다 더 이전부터 이어져 온 일'을 나타내요. 해석은 '~했었다/~해 왔다' 둘 다 가능해요. 이 문장은 '며칠 동안 계속 마음에 있어 왔다'라는 지속의 의미라서 '~해 왔다'가 더 자연스러워요.

A2) had been이 동사인 과거완료시제의 구조입니다. - had: 조동사 (have의 과거) - been: be동사의 과거분사 - on his mind: 전치사구 (그의 마음에)